XResource

Bitte? Ein X-Programm wird von php gestartet?

Ob .Xresources oder .Xdefaults ist normalerweise wurscht, irgendwo in den Startup-Skripts werden diese Files mittels xrdb in den X Server geladen. Das Programm kriegt seine Resourcen also nicht aus den Files, sondern vom X Server. Und das ist es, was mich bei deiner Kombination mit php sehr wundert. Wo läuft denn das Ding dann?

UID kannst z.B. nachschauen, indem du irgendein File in /tmp erstellst (aus php heraus) und schaust, welchem User es gehört.

Wie gesagt, das File ist egal, weil sich das Programm die Einträge aus dem X Server holt. Wenn der nicht läuft (was sehr wahrscheinlich ist), dann wird's gar nicht gehen.