Maximale CPU-Leistung ohne Netzwerkparallelisierung

spunz

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27.05.2009 - 20:36

um 35k euro sollte sich eine sun fire x4600 schon ausgehen, die hätte bis zu 8x amd quadcore.

Viper780

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Er ist tot, Jim!

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27.05.2009 - 20:49

Zitat von COLOSSUS
Falls ihr es nicht ohnehin schon tut koennte es womoeglich auch einiges bringen, mit ICC statt GCC (oder generell irgendeinem anderen Compiler) zu kompilieren. Wenn ihr eh schon so viel fuer Hardware budgetiert, sollte sich eine Lizenz (es sei denn, das findet eh im akad. Umfeld statt - da sollte die Lizenz iirc gratis sein) dafuer auch noch ausgehen.

gromacs ist zum großen teil fortran code , ich würde da den Intel compiler nehmen - ist einer der den schnellsten code erzeugt

Zitat von spunz
um 35k euro sollte sich eine sun fire x4600 schon ausgehen, die hätte bis zu 8x amd quadcore.

würd eher zu der Intel variante greifen, zB Sun Fire X4450

bzw den vorgeschlagenen HP mit Hexacore

spunz

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27.05.2009 - 21:08

Zitat von Viper780
würd eher zu der Intel variante greifen, zB Sun Fire X4450

und wieso? die gibts nur bis quad-quad und kosten dennoch +25k euro?

Viper780

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28.05.2009 - 01:45

weil sie bei der Fließkommaarithmetik und oft auch beim Takt die Nase vorn haben.

Über 8-12 Cores flacht die skalierbarkeit doch stark ab (vorallem wegen der obengenannten FFT in der PME) und da ist es oft besser die singlecore performance auch zu steigern.

lordy

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28.05.2009 - 14:06

Zitat von Viper780
Zitat von Luzandro
traurig ist auch, dass das mit öffentlichen Mitteln finanziert wird:
http://text.ots.at/meldung.php?k=OT...mp;bis=20090527

Hmm habs von der Theorie her immer so verstanden gehabt, dass Ewald überhaupt erst erlaubt die long range electrostatics überhaupt halbwegs unter Kontrolle zu bringen. Aber so wirklich tief hab ich mich da nie beschäftigt mit der Theorie - danke für den Tipp auf alle Fälle, werd ich ausprobieren...

Viper780

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28.05.2009 - 14:22

ja auf einer einzelnen Maschine erlaubt es das, aber die Ewald summe macht nichts anderes als das Problem in den Inversen Raum zu bringen - so wie bei der Kristallographie. Also was vorher Unendlich war, wird jetzt zum delta Peak. Was vorher schmal war, wird jetzt breit (und wird raus gemittelt

). Somit kann man mit zwei FFT (von Real- in den Inversenraum und wieder zurück) das "unendliche" Problem der longrange (fast nur Coulomb) auf ein lokales beschränken. beim PME geht man sogar so weit das man das ganze in "Zellen" teilt und eine einfache Funktion drüber legt, die flott zu berechnen ist. Nur eine FFT braucht immens viel Kommunikation, (schau dir mal das "Schmetterlingsdiagramm" an) deshalb ist es besser die PME nur auf einem Rechner oder sogar nur auf 1-2 Cores rechnen zu lassen.

Maekloev

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28.05.2009 - 20:18

an der uni innsbruck findet am 25.06. ein potentiell interessantes kolloquium mit dem thema "MPI on a Million Processors - and Less" statt. vielleicht interessiert es jemanden von euch, der grad in der nähe ist. der dozent scheint schon was auf dem kasten zu haben.

http://informatik.uibk.ac.at/aktuell/kolloquien.html.en

Viper780

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28.05.2009 - 20:54

Zitat von Maekloev
an der uni innsbruck findet am 25.06. ein potentiell interessantes kolloquium mit dem thema "MPI on a Million Processors - and Less" statt. vielleicht interessiert es jemanden von euch, der grad in der nähe ist. der dozent scheint schon was auf dem kasten zu haben.

http://informatik.uibk.ac.at/aktuell/kolloquien.html.en

klingt interessant, komme da nur gerade aus London zurück und kan ned schon wieder weg

spunz Elder Elder Registered: Aug 2000 Location: achse des bösen Posts: 11288	27.05.2009 - 20:36 um 35k euro sollte sich eine sun fire x4600 schon ausgehen, die hätte bis zu 8x amd quadcore.
Viper780 Elder Er ist tot, Jim! Registered: Mar 2001 Location: Wien Posts: 50369	27.05.2009 - 20:49 Zitat von COLOSSUS Falls ihr es nicht ohnehin schon tut koennte es womoeglich auch einiges bringen, mit ICC statt GCC (oder generell irgendeinem anderen Compiler) zu kompilieren. Wenn ihr eh schon so viel fuer Hardware budgetiert, sollte sich eine Lizenz (es sei denn, das findet eh im akad. Umfeld statt - da sollte die Lizenz iirc gratis sein) dafuer auch noch ausgehen. gromacs ist zum großen teil fortran code , ich würde da den Intel compiler nehmen - ist einer der den schnellsten code erzeugt Zitat von spunz um 35k euro sollte sich eine sun fire x4600 schon ausgehen, die hätte bis zu 8x amd quadcore. würd eher zu der Intel variante greifen, zB Sun Fire X4450 bzw den vorgeschlagenen HP mit Hexacore
spunz Elder Elder Registered: Aug 2000 Location: achse des bösen Posts: 11288	27.05.2009 - 21:08 Zitat von Viper780 würd eher zu der Intel variante greifen, zB Sun Fire X4450 und wieso? die gibts nur bis quad-quad und kosten dennoch +25k euro?
Viper780 Elder Er ist tot, Jim! Registered: Mar 2001 Location: Wien Posts: 50369	28.05.2009 - 01:45 weil sie bei der Fließkommaarithmetik und oft auch beim Takt die Nase vorn haben. Über 8-12 Cores flacht die skalierbarkeit doch stark ab (vorallem wegen der obengenannten FFT in der PME) und da ist es oft besser die singlecore performance auch zu steigern.
lordy Bloody Newbie Registered: Jan 2002 Location: Österreich Posts: 7	28.05.2009 - 14:06 Zitat von Viper780 Zitat von Luzandro traurig ist auch, dass das mit öffentlichen Mitteln finanziert wird: http://text.ots.at/meldung.php?k=OT...mp;bis=20090527 Hmm habs von der Theorie her immer so verstanden gehabt, dass Ewald überhaupt erst erlaubt die long range electrostatics überhaupt halbwegs unter Kontrolle zu bringen. Aber so wirklich tief hab ich mich da nie beschäftigt mit der Theorie - danke für den Tipp auf alle Fälle, werd ich ausprobieren...
Viper780 Elder Er ist tot, Jim! Registered: Mar 2001 Location: Wien Posts: 50369	28.05.2009 - 14:22 ja auf einer einzelnen Maschine erlaubt es das, aber die Ewald summe macht nichts anderes als das Problem in den Inversen Raum zu bringen - so wie bei der Kristallographie. Also was vorher Unendlich war, wird jetzt zum delta Peak. Was vorher schmal war, wird jetzt breit (und wird raus gemittelt ). Somit kann man mit zwei FFT (von Real- in den Inversenraum und wieder zurück) das "unendliche" Problem der longrange (fast nur Coulomb) auf ein lokales beschränken. beim PME geht man sogar so weit das man das ganze in "Zellen" teilt und eine einfache Funktion drüber legt, die flott zu berechnen ist. Nur eine FFT braucht immens viel Kommunikation, (schau dir mal das "Schmetterlingsdiagramm" an) deshalb ist es besser die PME nur auf einem Rechner oder sogar nur auf 1-2 Cores rechnen zu lassen.
Maekloev linux addicted Registered: Oct 2002 Location: Absam Posts: 920	28.05.2009 - 20:18 an der uni innsbruck findet am 25.06. ein potentiell interessantes kolloquium mit dem thema "MPI on a Million Processors - and Less" statt. vielleicht interessiert es jemanden von euch, der grad in der nähe ist. der dozent scheint schon was auf dem kasten zu haben. http://informatik.uibk.ac.at/aktuell/kolloquien.html.en
Viper780 Elder Er ist tot, Jim! Registered: Mar 2001 Location: Wien Posts: 50369	28.05.2009 - 20:54 Zitat von Maekloev an der uni innsbruck findet am 25.06. ein potentiell interessantes kolloquium mit dem thema "MPI on a Million Processors - and Less" statt. vielleicht interessiert es jemanden von euch, der grad in der nähe ist. der dozent scheint schon was auf dem kasten zu haben. http://informatik.uibk.ac.at/aktuell/kolloquien.html.en klingt interessant, komme da nur gerade aus London zurück und kan ned schon wieder weg

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